Die Förderung junger Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler nimmt an der Universität Jena eine zentrale Rolle ein. Seit 2012 gibt es zudem das zentral gelegene "Haus für den Wissenschaftlichen Nachwuchs", das erste Anlaufstelle für alle Fragen zur wissenschaftlichen Karriere ist.
Die Graduierten-Akademie unterstützt alle Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler in der Promotions- und Postdoc-Phase auf ihrem Karriereweg. Sie ist die zentrale Anlaufstelle für deutsche und internationale Doktorandinnen und Doktoranden, Postdoktorandinnen und Postdoktoranden. Sie bietet Welcome Service, überfachliche Qualifizierung, Promotions- und Karriereberatung sowie Vernetzungsmöglichkeiten und die Unterstützung von Eigeninitiativen.
Die Servicestelle LehreLernen bietet hochschuldidaktische Weiterbildung für alle Lehrenden an, die auf der Suche nach Anregungen für die Gestaltung ihrer Lehrveranstaltungen sind und ihre Lehrkompetenz gezielt weiterentwickeln möchten. Das Servicezentrum Forschung und Transfer unterstützt Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler bei der Beantragung von Drittmittelanträgen und Patenten.
An der Friedrich-Schiller-Universität Jena gibt es außerdem über 20 Graduiertenschulen und -kollegs, in denen strukturiert promoviert werden kann.